Jak již bylo řečeno, je v ČR přes 50 botanických zahrad, z nichž většina byla založena pro vzdělávací účely, a tvoří proto součást vysokých či středních odborných škol, další jsou spravovány městy či obcemi, několik jich spadá pod vědeckou instituci či muzeum, jedna vznikla ze soukromé iniciativy. Vzhledem k různorodosti zaměření i organizačního začlenění, z něhož vyplývají i rozdíly v personálním obsazení a ve finančním zajištění, se jeví jako účelné určité organizační zajištění koordinace činnosti, sdílení informací a zkušeností.
Od r. 1964 do r. 1971 koordinovala činnost českých a slovenských botanických zahrad Komise pro botanické zahrady, od r. 1968 pod záštitou Kolegia speciální biologie ČSAV. Její úlohu převzal od r. 1971 do r. 2000 Poradní sbor pro botanické zahrady při Ministerstvu kultury, který od r. 1990 přešel pod nově zřízené Ministerstvo životního prostředí. Na Slovensku byla po rozdělení bývalého Československa založena v polovině devadesátých let obdobná koordinační organizace, i když zvolení zástupci slovenských botanických zahrad a arboret zůstali členy českého Poradního sboru až do jeho zániku.
Komise a následně Poradní sbor organizovaly pravidelné konference botanických zahrad, zpočátku každoročně, později každé dva roky, jichž se účastnili i zástupci zahraničních botanických zahrad a arboret, především sousedních států střední a východní Evropy. První konference se konala v r. 1964 v Liberci a z jejího jednání vzešlo rozhodnutí o zřízení výše zmíněné Komise pro koordinaci činnosti botanických zahrad a arboret v Československu. Od r. 1967 až do konce devadesátých let byl vydáván Zpravodaj botanických zahrad (s výjimkou let 1980 a 1981, č. 1–47). Ve Zpravodaji botanických zahrad č. 40/1992 byla shrnuta historie Poradního sboru a pracovních konferencí československých botanických zahrad (Blažková U., 1992). O založení Komise botanických zahrad a rozvoj její činnosti se zasloužil zejména Doc. Jaroslav Hofman, vedoucí oddělení Botanické zahrady Botanického ústavu ČSAV Průhonice, který byl též zakladatelem Zpravodaje botanických zahrad a do r. 1988 jeho hlavním redaktorem.
Po roce 1989 čelily mnohé botanické zahrady ekonomickým a organizačním problémům. Tato situace vedla k nezájmu o koordinační činnost mezi botanickými zahradami, což nakonec vyústilo po skončení funkčního období představitelů Poradního sboru v pozastavení jeho činnosti v r. 2000.
Po několikaleté přestávce byla v dubnu 2005 založena Unie botanických zahrad ČR, jež je obdobou Unie českých a slovenských zoologických zahrad. Na rozdíl od ní však Unie botanických zahrad zahrnuje pouze zahrady české. Unie botanických zahrad ČR vznikla jako občanské sdružení osob a institucí reprezentujících botanické zahrady, arboreta a významné botanické sbírky. Jejím sídlem je Botanická zahrada hl. m. Prahy, Nádvorní 134, 171 00 Praha 7-Troja. Unie nyní sdružuje 27 členů.
Smyslem činnosti Unie je napomáhat uplatňování poslání botanických zahrad a jejich celkovému rozvoji. Své poslání a cíle plní následujícími způsoby:
Podle Stanov se členem Unie může stát botanická zahrada, která splňuje následující kritéria:
Spolupráce České republiky s mezinárodním sdružením Botanic Gardens Conservation International (BGCI) započala záhy po ustavení tohoto sdružení – po celoevropské konferenci botanických zahrad v Budapešti v r. 1988. Tehdejší politicky uvolněnější situace v Maďarsku umožnila, že se na konferenci setkali poprvé po dlouhých letech ve větším počtu zástupci ještě existujícího východoevropského bloku se zástupci botanických zahrad západních zemí. Kontakt s BGCI začínal skromně – formou článků o botanických zahradách tehdejšího Československa v informačním bulletinu BGCI (BGCI News). V důsledku složitého vývoje v organizaci botanických zahrad po revoluci v r. 1989 a pozdějšího rozdělení Československa nedosáhla tato dvoustranná spolupráce žádoucí formy. Teprve prostřednictvím Unie botanických zahrad ČR se kontakty zintenzívnily. Jsou poskytovány informace o příspěvcích botanických zahrad ČR k plnění základních mezinárodních dokumentů (zejm. Úmluva o biologické rozmanitosti, Global Strategy for Plant Conservation, 2010 Targets for Botanic Gardens, European Biodiversity Strategy).
Prostřednictvím Unie se české botanické zahrady zapojily též do činnosti Evropského konsorcia botanických zahrad. ČR byla přizvána k jednání konsorcia bezprostředně po přijetí do EU. První jednání za účasti českého zástupce se uskutečnilo v prosinci r. 2004 v Edinburghu. Přizvání k jednání v Edinburghu urychlilo založení Unie botanických zahrad ČR. Českým zástupcem v Konsorciu botanických zahrad se stal tajemník Unie BZ ČR Petr Hanzelka z Botanické zahrady hl.m. Prahy.
Tyto webové stránky vznikly v rámci projektu Výuka botaniky a enviromentální výchova v prostředí botanických zahrad České republiky,
který byl financovám ESF a státním rozpočtěm ČR.